I jonkällan joniseras gas, jonerna accelereras med elektriska fält inuti cyklotronens vakuumkammare. När önskad energi uppnåtts leds partiklarna ut med hjälp av extraktionssystemet. Stråltransporten leder de extraherade partiklarna till experimenthallarna där de antingen används för direkt bestrålning eller för att träffa en target som ger upphov till kärnreaktioner som producerar andra önskade partiklar som i sin tur används för bestrålning.